Việc thu hồi giấy chứng nhận kinh tế trang trại được quy định tại Điều 12 Thông tư số 27/2011/TT-BNNPTNT :

1. Giấy chứng nhận kinh tế trang trại bị thu hồi trong các trường hợp sau:

- Trang trại chấm dứt hoạt động sản xuất;

- Trang trại có diện tích đất sử dụng giảm xuống dưới mức quy định hoặc trong ba năm liền không đạt tiêu chuẩn quy định về giá trị sản phẩm hàng hoá nông, lâm, thủy sản.

2. Ủy ban nhân dân cấp xã có trách nhiệm báo cáo Ủy ban nhân dân cấp huyện ra quyết định thu hồi Giấy chứng nhận kinh tế trang trại.