Theo đó, kể từ ngày 18/6/2006, tiến hành miễn lệ phí hộ tịch đối với việc đăng ký kết hôn, đăng ký nuôi con nuôi cho người dân thuộc các dân tộc ở vùng sâu, vùng xa; đăng ký khai sinh cho trẻ em của hộ nghèo; cấp giấy chứng nhận ĐKKD đối với doanh nghiệp cổ phần hoá khi chuyển từ doanh nghiệp nhà nước thành công ty cổ phần; cấp giấy phép nhập khẩu 1 số thuốc chưa có số đăng ký dùng cho phòng chống dịch bệnh, thiên tai, thảm hoạ; thuốc viện trợ; thuốc phục vụ cho chương trình mục tiêu y tế quốc gia; thuốc nhập khẩu cho nhu cầu điều trị của bệnh viện trong trường hợp đặc biệt; thuốc thử lâm sàng; thuốc đăng ký, trưng bày triển lãm, hội chợ; nguyên liệu nhập khẩu làm thuốc; cấp giấy phép xuất khẩu thuốc. Những trường hợp miễn, giảm phí, lệ phí  nêu trên phải được công khai và niêm yết tại nơi thu phí và lệ phí.

Thông tư cũng quy định miễn phí sử dụng cầu, đường bộ đối với xe mô tô 2 bánh, xe mô tô 3 bánh, xe 2 bánh gắn máy, xe 3 bánh gắn máy khi lưu thông qua các trạm thu phí sử dụng cầu, đường bộ quốc lộ không phân biệt đường bộ đầu tư bằng vốn ngân sách nhà nước, đường bộ do nhà nước đầu tư bằng vốn vay và thu phí hoàn vốn, đường bộ đầu tư bằng vốn liên doanh, đường bộ đầu tư để kinh doanh hay các trạm thu phí sử dụng đường bộ được chuyển giao quyền thu phí sử dụng đường bộ có thời hạn.

Để nâng cao chất lượng, hiệu quả công việc thu phí, lệ phí, tăng thu nhập cho người lao động, đối với các đơn vị thu phí, lệ phí là cơ quan nhà nước thực hiện chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính, các đơn vị thu phí và lệ phí là đơn vị sự nghiệp thực hiện chế độ giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công lập, được sử dụng phần phí, lệ phí trích lại theo chế độ quy định của từng khoản phí, lệ phí cho phù hợp với cơ chế tài chính áp dụng đối với đơn vị mình ( như: chi bổ sung thu nhập cho người lao động, chi khen thưởng, phúc lợi, trích lập quỹ dự phòng…) sau khi đảm bảo trang trải chi phí cho việc thực hiện công việc, dịch vụ, thu phí, lệ phí.

 Những trường hợp thật cần thiết phải miễn, giảm phí, lệ phí do yêu cầu phát triển kinh tế xã hội và đặc điểm tình hình của từng thời kỳ thì địa phương, tổ chức, cá nhân có đề nghị bằng văn bản với Bộ Tài chính để trình Chính phủ xem xét, quyết định./.